14 сентября 1989 года по решению Священного Синода Русской Православной Церкви в Тобольске была возрождена духовная семинария.

Первое за Уралом учебное заведение — славяно-русская школа — была открыта в Тобольске в 1703 году по указу Петра I и спустя сорок лет преобразована в Тобольскую духовную семинарию. Первоначально были открыты только низшие классы, позднее открылись классы философский и богословский, и с 1764 года школа имела полный набор классов. При Екатерине II она была в числе восьми из двадцати шести российских семинарий, где преподавался полный восьмиклассный курс.

Последний выпуск в семинарии состоялся весной 1919 года, после чего семинария закрылась и была возрождена в сентябре 1989 года.

В 1992 году семинария разместилась в переданном Епархии здании Консистории Софийского двора. Второму выпуску семинарии дипломы вручил в 1994 году Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, в первый раз посетивший Тобольск. В том же году при учреждении была открыта Мужская православная гимназия, а спустя еще два года — иконописная школа. В 1999 году семинария получила государственную лицензию на осуществление образовательной деятельности по программам высшего учебного заведения.

В 2014 году семинарию посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. В том же году была была открыта магистратура.

За четверть века стен семинарии вышло более 800 служителей Церкви. Многие из них преподают в семинариях Уральского, Сибирского и Дальневосточного регионов.

Источники:
Студенческий православный журнал «Семинария»
Тобольская митрополия