В 1787 году село стало называться Заводоуковским.
Заводоуко́вск — административный центр Заводоуковского городского округа Тюменской области. Расположен на реке Большой Ук (приток Тобола).

В 1740-1744 годах купцы Походяшин и Власьевский основали Уковский винокуренный завод. В 1787 году село стало называться Заводоуковским. По другой версии название поселения связано с традицией основаия специальных поселений — заводов.

С 1844 года ведет свое начало Заводоуковское торгово-промышленное предприятие «Товарищество братьев Колмаковых»: мукомольное, салотопенное, пряничное, крахмально-паточное производства. По Тоболу ходили собственные купеческие пароходы. Продукция сбывалась не только в Сибири, но шла в Москву и Петербург, а сливочное масло даже в Турцию. Многоэтажная паровая мельница Колмаковых поразила воображение даже бывалого русского путешественника В.П. Семенова-Тянь-Шанского, а американского журналиста Джорджа Кеннана, путешествовавшего в 1885 году, красота этого «медвежьего угла», а также роскошная оранжерея семьи Колмаковых с бананами и пальмами.

В 1913 году при строительстве железной дороги Тюмень—Омск возникла станция Заводоуковская. 13 ноября 1939 года Заводоуковск получил статус рабочего поселка в составе Ялуторовского района.

В годы Великой Отечественной войны в Заводоуковск было эвакуировано ОКБ-1 Воронежского авиационного завода (КБ А. С. Москалева). Здесь производилась войсковая серия первых советских серийных реактивных самолетов БИ.

Кроме того, в Заводоуковск была эвакуирована 1-я Московская спецшкола ВВС, в которой обучались будущие космонавты В. Комаров и Л. Демин. В школе преподавал В. П. Друнин, отец будущей поэтессы Юлии Друниной, прибывший в эвакуацию вместе с дочерью и женой. Отсюда Юлия Друнина ушла на фронт.

В начале 50-х годов геологоразведочная экспедиция проводила изыскания нефти на территории юга области. При испытании скважины 1-Р, пробуренной бригадой мастера Коденко, ударил мощный поток горячей воды. Проведенный анализ показал, что этот фонтан представляет собой минеральный источник. В 1957 году на базе источника была создана Заводоуковская водолечебница.

9 июля 1959 года Заводоуковск передан в Новозаимский район. 26 апреля 1960 года преобразован в город районного подчинения. 28 апреля 1962 года город передан в Ялуторовский район.

12 января 1965 года город становится центром образованного Заводоуковского района. 23 марта 1992 года Заводоуковск отнесен к категории городов областного подчинения.